為了記錄這塊土地人們的成就與回憶，2010年在李祖德董事長與邱文達校長的推動下，於50週年校慶時設置校史館，數年來，透過文獻收集、保存和訪問過去校園活動的人與事件，校史館不僅成為北醫記憶的核心，同時也是年輕學子與社會大眾了解本校組織、歷史的主要管道。2017年，為了進一步增加校史呈現的活潑性，特別翻新現有場館，設置常設展與特展兩區，前者講述北醫發展的故事，後者著重於校園各式議題的深入探索，藉由廣與深的搭配，彰顯北醫的精神與榮耀。